Инцидент произошел после полуночи, 7 января, сразу по завершении рождественской мессы в церкви. По возвращавшимся с богослужения людям открыли беспорядочный огонь из проезжавшего мимо автомобиля. По версии полицейских, нападавших было двое.

Город Наг-Хаммади расположен в провинции Кена, считающейся одним из самых бедных и консервативно настроенных регионов страны. Наг-Хаммади находится в нескольких десятках километров от курортного города Луксор, известного своим обширным историческим наследием.

Доминирующей религией в Египте является ислам; доля коптского населения составляет примерно 10 процентов от 80-миллионного населения страны. Египетские христиане нередко подвергаются нападениям со стороны радикально настроенных мусульман. Так, в ноябре 2009 года в городе Фаршут на юге Египта произошли христианские погромы, в результате которых были сожжены семь магазинов, чьими владельцами были местные христиане-копты.